淡水生物
※展示生物，根據時期不同會有變更。
佐佐川、相浦川、江迎川等較大的支流匯入九十九島，這些支流的四周有魚蝦、貝類等繁衍生息的水田環繞，故而其生物多樣性得以保存。
豐裕的源頭「佐佐川」
青鱂
新米蝦
川鯥
暗缟鰕虎鱼
豐裕的源頭「佐佐川」
以國見山為源頭，流淌在長崎縣北部的佐佐川是縣內最長的川流，匯入九十九島。河口的泥潭裡生活着蟹類貝類生物。營養豐富的水源，匯入九十九島。物產豐富的佐佐川便是九十九島豐裕海域形成的源頭。
自然與人類的共存「小運河」
自然與人類的共存「小運河」
小運河是給田地引水灌溉時而挖掘的。雖然是人工挖掘的小運河，但是卻有許多生物棲息在此處，是自然和人類的共存產物。佐世保周邊的小運河裡已有確認是青鱂、虎魚等珍貴物種的存在。
