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九十九島灣在九十九島南部，被錯綜複雜的海岸線和眾多的島嶼包圍。暗礁、海藻場、海岸、沙灘、泥潭散佈在此，環境多樣，生物多樣。九十九島灣大水槽再現了近海到沿岸的自然環境及生物的多樣性變化，也是日本國內十分罕見的露天型大水槽。大家可以在環形迴廊裡觀察其形態。

九十九島灣的遠海處，注入了對馬暖流，形成了在國內也是少有的豐裕的海流。迴游魚、鯊魚、鰩魚等種類豐富的魚兒生活在此。沙丁魚、竹莢魚等魚群通過回游而形成看似龐大的身體，來保護自己。

在九十九島的岩床區，生長着茂密的海藻，形成了海藻場。小魚小蝦居住在此，形成了豐富的海源。

許多的生物都因為岩礁是安全場所，所以聚集在此。隱藏在岩石間的生物、還有在岩石間形成魚群的生物，配合游動時的呼吸，感到危險時能立刻隱藏起來。擁有自己地盤的生物們，藏在岩石縫裡窺視着對方。

在海岸線錯綜複雜的九十九島，有許多波浪平靜的入江，形成了孕育許多生物的自然沙灘。在海藻場有許多的生物產卵、繁衍。夏季，海藻日漸枯萎的時候，小甘藻、海草等便逐漸繁盛起來。

在海岸邊的石縫中，隱藏着海膽、海參、螃蟹等。還有在退潮時，淺灘裡能看見小魚小蝦、寄居蟹等生物。在淺灘裡，小型生物不用擔心被大型生物所襲擊，是很好的藏身處。